国家税务总局长沙市天心区税务局是双重管理部门，受国家税务总局长沙市税务局和长沙市天心区人民政府双重管理。共有11个内设机构：办公室（党委办公室）、法制股、税政股、社保非税股、收入核算股、纳税服务股、征收管理股、税源管理股、风险管理股、财务股、组织人事股，2个另设机构（机关党委、党委纪检组），10个派出机构（第一税务所、第二税务所、坡子街税务分局、裕南街税务分局、城南路税务所、桂花坪税务分局、暮云税务分局、先锋税务所、文源税务所、黑石铺税务所），1个事业单位（信息中心）。